康熙三十三年(1694)，佛教臨濟宗第三十四代禪師僧樹璧奉湄洲天后宮神像來台，在諸羅海口笨港登入。時台灣荒地以闢，人口日增，笨港扼海交通要衝，船隻輳集，人口知增加尤速；彼輩均來自福建，素感神靈，無從瞻拜，故見僧人奉神像來，遂議留為主持香火，初賃民居，矮屋低簷，至為簡陋。康熙三十九年，再議公建，時有陳立勳者，為福建省同安縣人，於明季即入台拓殖，於今嘉義縣鹿草鄉、六腳鄉；雲林縣水林鄉、北港鎮一帶擁有田園數百甲、店面甚多，為大業戶，並於今廟前左側，營土壟間，碾米販運內地，時感神靈，思報神恩，乃捐獻廟地，編竹葺茅，成一小祠，規模雖小，祈禱報賽，殆無虛日。

康熙六十年（西元1721年）朱一貴抗清事件發生，全臺騷動，清福建水師提督施世驃、南澳總兵藍廷珍率兵入臺。今台南、高雄、屏東一帶，備受蹂躪，朱一貴最後雖然於笨港附近之溝仔尾莊楊旭家被縛，然兵燹並未波及笨港，生民未受塗炭，地區仍得繼續發展。

康熙六十一年（西元1722年）康熙駕崩，雍正繼位，笨港地區日益繁榮。雍正八年（西元1730年），神光屢現，荷庇佑者，醵金重建，易茅以瓦，至此觀瞻，煥然一新。諸羅縣令馮盡善復批准樹璧於笨港溪設渡以濟行旅，所得則為香燈之資。樹璧以「人能宏道，非道能宏人」，深知欲使廟宇萬禩馨香，則必培養生徒俾繼其志業，乃擇能澤（篤齋）為徒，夙夜勤加教導，俾傳其衣缽。而能澤亦能仰體師意，勤奮向學。及樹璧圓寂，能澤遂繼其志，主持祀事。能澤於主持朝天宮祀事之餘，亦重繼任人才之培育，先後收錄岐衍、鼎梅、妙琛、妙鞏、妙珍等五人為徒，並量才分授以學。因能澤學養精湛，譽望日隆，遂為彰化縣令某禮重，聘兼彰化縣僧綱司事，總管虎尾溪以北宗教事務。

人傑地靈神自興，乾隆十六年（西元1751年）距雍正八年新建已二十一年，不免丹青剝落，土觕亦間有傾圮，能澤遂加以修葺。至乾隆三十九年（西元1774年）笨港縣丞薛肇熿蒞任，往訪能澤，既心儀其人，復以宮殿制觕樸卑，不足以昭虔妥靈，乃謀於貢生陳瑞玉、監生王希明、蔡大成等人，並率先捐俸以為倡。笨港總約楊允夏、張克昌、行戶劉恒隆、陳愧賢、梅山蔡世國、鄭奇偉等人，聞訊紛紛解囊鼎力協助。廟成共費銀一萬五千元，築成神殿二，拜亭二，東畔室仔二，共六間，正殿奉祀媽祖，後殿奉祀觀音佛祖、十八羅漢。薛肇熿並撰文立碑，碑額云：「重修諸羅縣笨港北港天后宮碑記」以紀其事。碑石及當年雕刻之石雕龍柱一對，尚存留廟天宮聖父母殿前埕及正殿。光緒二十年（西元1894年）倪贊元編雲林縣采訪冊時，亦錄有重修諸羅縣笨港天后宮碑記於大槺榔東堡藝文篇。觀音佛祖殿內現存之龍柱雕刻雄渾生動，十足反應當時民風之淳樸及社會。生機之渾厚現今研究臺灣地區藝術史學者，皆視為珍寶。